一夜之间，天军在城外筑营近百所，将杭州内外交通完全隔绝。

提督张玉良、守备林寿春，见巡抚王有龄不来，即知巡抚忌讳弃城，也不敢擅退，先后反攻天军阵地，中炮阵亡。

杭州城在西湖东岸，钱塘江北岸，天军虽占据要津，陆上却无法围死，内外都有水师可以接济。

天军自然也知道这一点，便在钱塘江岸收集民船，经慈云岭搬运到西湖南岸，放入湖中。

又组织水营，与乍浦副都统杰纯的西湖水师展开激战。

西湖水师比天军临时水营强不了多少，因纯出意外，没有预案最终不敌，一败即溃，一溃即散。

至此，11月5日，天军占据西湖，完成对杭州城的合围。

杭州彻底沦为一座孤城，城内清军只有挡驾之功，而无反击之力，于是赶紧求援。

当时，离杭州最近的清军，就是湘军鲍超和左高参两部，实际是蹑足李秀成大军入浙的。

但是，因兵力较少，不敢放胆穷追，只是跟进而已。

至1862年1月初，杭州城内已经绝粮。

负责为王有龄采购军粮物资的大商人胡雪岩，急大人之所急，准备了20000石大米，但运不进城。

外地乡下采购，只能运到三廊庙外的钱塘江上停泊，无论水旱都被天军堵住了去路。

城内军民约30万，只能啃草叶树皮勉强度日，食不果腹，不得不吃人肉——分食尸体。

内城近万八旗官兵，屠杀放生园中的动物和战马充饥，连血都不浪费，全吃了。

巡抚王有龄自己也被迫食糠咽草，绿营兵丁闯入百姓家，抢吃抢喝，家常便饭，混乱不堪，已是哀鸿一片。

因鲍超和左高参不敢进援，李秀成也就坚持围城不战，还对守城清军招降。

派人将招降信射入城内，军民有别，旗汉有别，只要放下武器，就不掉脑袋。

李秀成战杭州是第二次了，异常成竹在胸，特别招降死对头——杭州将军瑞昌——

只要您放下武器，弃暗投明，既往不咎，要是觉得投降太没面子，本王给你留条路，自个儿打个包袱离去，完全可以，绝不刁难……

李秀成拉人，宽大起到了作用，至12月28日，冬月二十八，武林门、钱塘门、清波门上的绿营官兵，终于一致挂起白旗，放下武器，打开了城门逃命去了。

第二天，城内清军也纷纷出逃，溃不成军，李秀成大军趁机冲锋，几乎兵不血刃，就拿了下杭州外城。

遗憾巡抚王有龄没投降，他选择了自杀，属下官员也多自杀殉职。

李秀成吩咐：厚葬王巡抚等人，厚待其家人——

因为，王有龄临死前让师爷写信给他，求他不要为难了杭州百姓。

有了外城这效果，李秀成决定暂缓进攻旗城，等待瑞昌投降或离开。

瑞昌将军，不愿开旗人降汉先例，因为旗人生来就是统治汉人的，决定硬扛到底。

李秀成一厢情愿等了两天，至1861年最后一天，腊月初一，见瑞昌不可救药，只好下令炮轰旗城。

乍浦副都统杰纯战死，杭州将军瑞昌投水自尽，旗城官兵全军覆没，城垣大半为炮火摧毁。

杭州内城，这次也被天军攻破。

李秀成接管杭州后，严令恢复秩序，秋毫不犯，赶紧从嘉兴调运米谷钱粮，赈济灾民灾兵。

很多灾民就此加入天军，从此李秀成部也有了成军的饿兵。