1937年11月中旬，国民政府根据国防最高会议决定，已着手部署迁驻重庆的实施程序。16日，国民政府主席林森，遵循迁都大计，交代属下的文官、参军两处干员清点好中华民国印信旗等重要器物，漏夜登船，先离南京而首途重庆。史载当年林森启行：林森离开南京时已是七十岁的老人。他行前立下遗嘱，对自己的财物作了处理。他在南京向蒋介石告别时曾说：“我可能不能再回南京了！你们一定抗战到底，取得最后胜利！”然后只身入蜀，义无反顾。
林森，福建福州人，1867年生，早年参加盟会，跟随孙中山投身民主革命，为得力股肱。1912年初出任民国临时参议院议长，协助孙中山制定了著名的《中华民国临时约法》，为建立民主政体贡献至大。1932年担任国民政府主席，拥有国家元首的显赫地位。在离开南京前夕，曾预为立下遗嘱交代后事，以表示持久抗战，以身许国的信念。遗嘱写道：人生七十古来稀，森今七十有二矣。身后之所嘱托，不能不预为之计。吾国自然科学消乏，今昔同感；陶冶补充，刻不容校。兹谨遵总理迎头赶上遗训，将所存国家银行伍拾万元，拨为基金，以其每年利息，专作考选留学欧美研习自然科学学生固定经费。并手自订办法24条，嘱由能表情于斯学者，恪守此方针而办理之。百年树仁，是实始基，尚其共循此旨，矢守弗渝，用垂久运，而利国家。
在林森这种临难不苟精神带动下，南京国民政府机关在紧迫繁忙的危局中，有条不紊地组织了搬迁工作。当年随行西迁的国府文官处书记官丁绍兰女士，忆述了那段往事：国民政府本身的机构只有文官、参军、主计三处直属于主席领导。全府员工不下一千余人。筹迁工作中，限于财力、物力的拮据，交通运输的困难，不可能全部迁移，只能是既迁移，又疏散。据据工作的需要，以既自愿又强迫的原则，除高级官员外，下级人员中认为不需要的，一律以“非必要人员”疏散，每人发一点疏散费。
军委会海军部特为国府西迁，调派了内河装甲的“永绥号”兵船，作为林森专轮，泊于下关码头以随时派用。丁女士对该轮载运撤离情景加以记述称：舱位本来就分等级，除主席林森居于专舱之外，其员工职位高低，依次坐不同的舱位，并允许携带家属。隆身行李携带有限制，不得携带家具。装船工作整整进行了一天。自上午开始，先搬重要档案、文件、印信，然后人员陆续登船。根据国民政府的组织，它有直属的侍卫队随船护航，军乐队随行。文官处铸印局还带走一部分印铸技工和必需的机件。部分随行医生，还携带了医疗器材和药物。全船还有一个临时船长，由参军处总务局局长、海军中将田士捷担任，负责航行的指挥和保卫。
国民政府的西迁行动，虽在10月即着手部署，但究竟何时正式启程，却因前线战况，而在15日临时发布。准备时间只有一天，“故离宁之日，一般员工都是行色匆匆，没有思想准备，精神状态紧张得很。”1937年11月17日凌晨，这艘满载千余名中央政府官员及家属、物资的主席专轮，就不事声张地启碇西上。时局已不允许举行任何仪式以记录这一历史时刻。
船行三膝，途经武汉，中央通讯社才公开发布《国民政府移驻重庆宣害》，到第四天驶抵长江玉峡门户的宜昌。江航道本来狭窄凶险，当时正值枯水季节，致使这只重轮不能溯江上行，只得逗留一天换乘川江客轮。23日，林森串文官参军主计三处长官和高级官员，先乘“民风轮”启行；其余人员、物资则另乘“民贵轮”跟进，两轮昼行夜泊，当晚宿巫山，次日宿万县，25日宿涪陵，26日清晨，“民风轮”先期进入重庆航段。
26日下午四时，“民风轮”过铜锣峡、经唐家沱，出现在朝天门江面。早已泊江迎侯的海军巴渝、长江二舰，齐鸣礼炮，并随侍两侧，为“民风轮”护航。此刻，重庆行营主任贺国光、重庆警备司令李根固、代市长李宏锟等，齐乘“民律轮”，出港趋前迎接。报载当时盛况写道：民风轮开抵太平门仁和码头后，林主席换乘民律轮，驶至储奇门码头登岸。此间各军政首长、各机关法团代表，及各学校学生二万余人，齐集储奇门码头迎侯。林主席下轮登岸后，即向欢迎人员頷首答礼。其时军乐大作，情绪至为热烈。
林森率国民政府迁抵重庆，是中国抗战由被动退却向主动运作的开端。作为中国元首，林森自到重庆即倡言抗战图强。他在一次题词中写道：抗战图强，义动瀛海，助力中兴，倡言是赖。千钧共举，大厦同支，凛兹来轸，任此艰危。翰运启元，歼彼穷虏，同心同德，神州永固。
在中华民国体制下，林森不负实际政治责任。但他迁抵重庆，力主抗战，具有其不可替代的稳定民心、维系国脉的作用。
“七·七”事起，重庆各界即闻风而动，于19日成立了“援助平津守土抗战将士大会”以支援华北抗战。27日，扩充改组成立了“重庆市各界抗敌后援会”。该会“以团结努力，一心一德，各尽所能，各负其责为宗旨”，“以援我将士，迎头抗敌”为目标，成为当年重庆颇有影响的民间政治团体。该会在成立典礼上，即发表文告《电请蒋委员长转请中央速颁抗战明令》。文告首先分析了国家民族的严重危机：暴日蛮横，毁法背约，强占东北，复攻平津，侵我主权，摧毁我文物，屠杀我人民，……民族存亡，国家生死，最后关头，于今已到。大会一致通过：伏乞钧座转请中央，速颁抗战大命，惩彼凶顽，灭此朝食，以期还我河山，复兴民族。并庄严表示，“本会誓率全市人民，以血与肉，拥护中央，拥护钧座，抗战到底。”
国民政府发表移驻重庆宣言，省府当局迅即作出响应。省主席刘湘特函电《上蒋委员长呈文》写道：四川地大物博，被称为复兴民族根据地。期望大，责任重。今者寇已深矣，沿海交通被敌封锁，接近战区，日遭轰炸。四塞之地如西蜀者，举全国之力以开发之，在今日实为急切要图。
重庆市各界抗敌后援会，得悉国民政府决定移驻重庆，其反应更形热烈。1937年11月28日，发表了《欢迎国府主席暨各委员莅渝告民众书》，对政府当局毅然移来重庆的非常措置，表示衷心的拥护。书告写道：日本帝国主义……积极向我进攻，企图袭击首郝，迫我订城下之盟。我贤明的中央当局为策应万全计，已将国民政府移来重庆。这种非常措置和奋斗精神，值得我全体民众的竭诚拥护和热烈欢迎！
《告民众书》进而向全体市民指出了对国府西迁重庆的应有认识：一方面是将最高政府暂时避开，以免受敌人的暗算；一方面是表示不屈不挠，长期抗战，奋斗到底。所以国府移渝，不是消极的示弱，正是积极的表示了与敌偕亡的决心。
该会号召全体重庆市民，“在长期抗战的决策之下，有钱的出钱，有力的出力，去和倭鬼拼个死活，以争取国家民族最后生存的胜利。”
对大批中央机关的到来，重庆市民及团体纷纷让房、让地、搬迁转移，表示了切实的支持。
中央机关在重庆选址，以国民政府主席办公之地为最急迫。当移渝宣言发表之际，林森已过武汉。当他23日在宜昌转船入川时，省市当局才勘定国民政府在重庆的办公地址，即省立重庆高级工业职业学校。当天，省府教育厅接到重庆行营转报教育部下达的命令：“高工职校原址，供国府移渝办公之用。”为此，省教厅特将原省属高级陶瓷职业学校并入高工职校，转令高工职校立即往陶瓷校行课，三天之内迁徙完峻腾出校舍。奉令迁出的高工职校师生员工，闻风而动，将必要器材物资临时搬到牛角沱省公路局车场，因陋就简，照常授课。市府当局一面迁校，一面改建，仅用一周时间，于12月1日正式交付国民政府使用。在八年抗战、十年陪都的岁月里，驻在该地的国民政府，成了中华民族岿然不屈的象征。
当年，《华西日报》曾以《新国府巡礼》为题，对55年前这块举世嘱目之地作了如实的记述：大溪沟中校的地形是前临马路、后靠山坡。面积尚不算小，而其步一升的路梯，恰似象征着新中国未来的大路。大门亦如首都一样，共分三道。中间的一道比侧边的咯高，巍峨宏伟。三道大门的门柱，都是内撑杉杆，外钉木板，再加洋灰做成。下面再垫以最坚固的基石。门首将来预定要安四个岗棚，以宪兵担任守卫。现在，宪三团第二营第六连，已经全体迁入了，并已在府内各重要地点安设岗位。进大门有一空坝境之中央莫立旗杆基石3坝之左边，面积大，准各稡作停车场右边有若干经霜凋零的树木。再益为主席待卫及乐队室。
作者一一介绍了国府办公用房的分配情形：拾正面石梯而上，第一楼房是过去工中校的理化实验室，划作参军处的办公点。楼下左边为会客室，右边为收发厅，内面为文书组。会客厅是由几间房子合辟而成。如在普通著，自然足够漂亮但在国府的立场来说，就嫌过于狭小了。第二幢过去是工中校的土木科教室，现在都被划作主计处的办公地点。再由此上走，即是工中的教员院了。因为这里的房子比较低旧，特划为参军处储藏室及工役室。
文中对林森办公处作了详细介绍：由这里左去的一楼房，为过去工中学生的宿舍。房舍新建不久，相当修整娃过些粉刷，更焕然新。浙土初掘，花木扶，一型而知是新近的布置。楼上为首的一间，是主席的办公室。里面除新装两盏电灯外，其它尚一无所有。第二、第三两间，均为文宫处长办公室“以此之后即为文官处般职员的办公室。
文中最后描述道：一从窗眺塑，见后西山坡上栽遍了青青绿的菜蔬。主席于批阅公文之暇，得亲见农民耕种；素不为人所注意之劳苦生活，今后必将一一直陈主席眼帘…
可见当年国民政府住地实系重庆市郊山野中的一片菜园坡地。原国府书记丁绍兰也有类似记述。
1937年11月30日，国民政府文官处、参军处及主计处西迁人员全部抵达重庆。附辖的国府卫队、乐队及勤务，也同船到达。12月1日，行政院通令各省市政府，电称“本院依照中央决议，兹经移渝办公。”随即，国民党中央执监两委，于12月6日在重庆召开联系会，亦决定通告各级党部，中央执、监委，“六日在重庆开始办公。”
随林森抵渝后，国民政府各院、部会人员机构，经武汉、宜昌，水陆兼程，分头迁往重庆。到1938年，政府部门、民间团体、新闻单位与外国朝野在华机构潮云集当时，所有内迁单位，大都是利用原重庆各界公私房舍，稍加修整匆匆进驻。史载：朝门是携子、嘉两江合流之处的第一大码头，大溪沟便是抗战时期改称为国府路的渝筒马路，这一条烷蜒曲折的大道长逾十里，由西往东把大重庆一剖为二，可以说，十里大道两侧的好房子和贵地皮是重庆乃至全四川精华之所在。尽管迁川初期逃难客对于川胞习呼之为“下江人”，“脚底下人”，不愉，是无可否认的，他们居八年，受于四川地主多。四川地主比其他各地远为慷慨豪爽，有白送房子给下江人住的，也有借地建屋收一块钱象征性租金或竟分文不收，多一半采取借地建屋胜利以后连屋带地一并归还的办法，其结果是因为抗战房屋因陋就简，一住八年也就倒了坏了，地主一无所得却也并不埋怨。
国民政府所属中央各行政部门的办公机构集中迁建于重庆新市区的上清寺、曾家岩及大溪沟、罗家湾约两平方公里的地界内。
在政府院部迁建告一段落后，时任行政院长的孔祥熙指称：“主要的工作有两项，一为发展后方经济建设；一为战时行政效率之增进。”为此，国民政府于1939年1月1日颁发了《调整中央行政机构令》，由孔祥熙、张群继任行政院正副院长，并同时调整中央部会行政机构：（一）改实业部为经济部。建设委员会及全国经济委员会之水利部分，与军事委员会之第三部、第四部均并入该部；前军事委员会之农产调整委员会、工矿调整委员会，1改隶经济部。（二）铁道部并入交通部，全国经济委员会之公路部分亦并入交通部。（三）卫生部改隶内政部，全国经济委员会之卫生部分并入卫生署。（四）海军部暂行裁撤，其所辖事物，并入海军总司令部办理。接着，国民政府又于1月14日修正公布了《行政院组织法》第一条条文，规定行政院下设内政、外交、军、财政、经济、交通、教育、农林等部及蒙藏、侨务、赈济等委员会。
政府当局对这次行政机构之调整，决心颇大、期望益切，以图“力矫”组织机构的、“重复繁冗”，并力革除职责事权“划分未清”之弊，“以谋行政效之益拥提高。”
迁抵重庆后的国民府机构调整，首先注重划中央单位的级别界限，分为国府、院（五院）会（军委会）与部委主级，使之分级了，程序显然；同时裁、撤、并、降原有部委，使机构化繁为简，系统分明；再则范了行政和军事机构各自的权限，一定程度上改变了原来机构重复、隶属不清、职权混杂的积弊。1月17日，林森对重庆报界讲话，称此次的机构调整：“这
可以说我国数年来政府行政机构上一种重要的整理”，其目的
“就是要切合现实之需要，而增强抗战的力量。”
考其调整的实情，其效果是可打折扣的。即在当时，人们就对其缺点加以批评。如：国民政府组织系统内的三个级别，各自均有积弊未除：（一）就第一级的国民政府本身来说，它既不负实际政治责任，其国府委员会（24至36人）实为虚设。究之，该会原为议决院与院间不能解决之事项；现五院院长不由国府主席提请任免，改由中央执委会选任，各自对中央执委会负责，则五院间即有不能解决之事项自可由中央执委会或其代表机关解决之，故国府委员会已失其存在的条件。且国府既不负实际政治责任，该委员会又何能负责解决院与院之间的纷争呢？（二）就行政院与所辖部会的关系，即有调整的必要。如，交通部对于水陆交通都是高级主管机关。这又与行政院直辖的水陆运输联合委员会的职掌相重复。再如行政院直辖的液体燃料管理委员会，与经济部的燃料管理处，弄成部会间权限冲突，易起摩擦。再就行政院对院外机关，亦有调整的必要。如军政部掌理军事行政，应专兼行政院，不必在兼军委会。
洞察利害者，更指出了调整机关伏下的隐患：
在国府直属机关中，除五院对中央执委会负责外，军事委员会等六个机关皆对不负责的国府负责，直等于不对任何机关负责，不受任何机关之指挥监督。万一滥用职权，其将何以收拾？