南京失守时蒋介石曾强调指出：中国坚持抗战，其最后决胜之中心不但不在南京，抑且不在各都市，而实寄于全国之乡村与广大强固之民心。人人敌忾，步步设防，则4000万方里以内到处皆可造成有形无形之坚强壁垒，以制敌之死命。

武汉弃守，蒋介石又发表《为退出武汉告全民书》称：保卫武汉之军事，其主要意义原在于阻滞敌军西进，消耗敌军实力，准备后方交通，运积必要武器，迁移我东南与中部工业，以进行西北、西南之建设。为我国积极进取、转守为攻之转机。

蒋介石是依据西南、西北为后方根据地，从而支持长期抗战，全线抗战的。西南、西北地区成为支持其前方作战抗击日军的主要后方基地。

1938年11月25日至28日，国民政府军委会为适应二期抗战形势，在湖南衡山召开第一次南岳军事会议，对相持阶段的长期抗战作了新的部署。蒋介石在会上指出，中国由“守势作战”进入“持久战”时期，第二期抗战设想即“转守为攻”。会议依据战情的变化，重新划分了战区，并决定设立直属委会的战地党委员会以加强对论陷区的管理，全权处理战区党政军的一切事务。

1939年1月下旬，蒋介石在重庆召开的国民党五届五中全会上说：第一期的任务，是尽量消耗敌人的力量，掩护我们的后方的准备工作，确立长期抗战的基础，完成我们第二期抗战战略与政略上的一切布置。现阶段是我们转守为攻，转攻为胜，以我们的努力，来决定兴衰存亡的一个大关键。

大会正式确定了第二期抗战的任务即“达到抗战胜利和建国成功的目的”。这反映了国民政府军事战略转为准备力量，侍机转守为攻。

1939年10月29日至11月5日，军委会召开第二次南岳军事会议，其中心议题是检讨第一次长沙会战的得失，策定对日攻势战略。蒋介石指示：今后我们的战略战术都应从消耗的防守转变为积极的进取，以及此后实施转守为攻与争取主动的具体条件。这次会议认为，“我们今后的战略运用和官兵心理一定要彻底转变过来，积极采取攻势”。进一步明确第二期抗战的要旨，“是在战略上精神上与敌决生死”，较之于以往的消极防御观念又有所进步。

1939年秋，日军决定进攻南宁，切断中国的国际补给线。这时，中队经过整训，战斗力恢复，与敌人展开了长达一年之久的桂南作战。会战期间，军委会于1940年2月23日至25日，在广西柳州召开军事会议，总结了桂南会战的得失与教训，决定了今后改进的方法。蒋介石在会上指出：“以后对于战术战略的思想，应完全转变过来。从前是等敌人来攻，我再打他，今后应该是我们要到处先找敌人来打。”会上蒋介石对日军的长短处进行了分析。针对敌之长处：快、硬、锐、密和敌之短处小、短、浅、虚，提出我军克敌制胜的战术与对策。破敌之长，“应以‘稳定’制敌之快速’，应以‘坚韧’克敌之‘强硬’。应以“伏兵’破敌之锐利’。应以`严明’对敌之`秘密’。”又说攻敌之短，“应以大部队攻击敌之小部队；应以长时间之周旋，打破敌之短时间之攻击；应以纵深配备，打破敌人近浅距离之侵扰；更应以实力猛进，攻破敌人空虚之后方”简言之，就是要扬己之长，扼敌之短，从而达到主动进攻的目的。

1904年3月6日至9日，国民政府军委会在重庆召开各战区参谋长会议，更进一步地总结了有关抗战的战略战术等军事问题。蒋介石指出，要想抗战胜利，必须从旧的作战办法和旧的战术思想中完全转变过来。“要变换脑筋破除旧习，以新的精神，运用新的战术。”

抗战进入相持阶段后，国民政府已逐渐向被动消极的防御作战转向积蓄力量、整训部队，准备进攻作战的时期。

国民政府移驻重庆后，继续组织了前方战场的对日作战。

南昌会战。日军为巩固武汉，控制长江下游的交通，于1939年2月中旬以4个师团的兵力参战，企图截断湘赣、浙赣两铁路之联络。为了打破日寇的进攻计划，重庆军委会电令第九战区代长官薛岳“准备于三月十五日向赣北的日军攻击，以制敌机先”。第九战区整补还未完毕，供给困难，军委会只得指令改为守势作战。3月17日，日军由第1军司令官冈村宁次指挥，向南昌发起进攻。27日，南昌陷落。4月初，军委会鉴于第一期整训大体完成，即命令各战区协同配合攻击和牵制敌人，部署春季攻势。4月21日，蒋介石致陈诚、薛岳电：此次战略虽在诱敌深入，而目的仍在消耗其兵力，使我容易达到最后歼灭之任务。

22日，第九战区部队在前敌总指挥罗卓英指挥下反攻南昌。此次反攻恢复了南昌外围一些地方，攻克了飞机场、南昌车站。日军在空军和炮火支援下固守南昌，并不断反攻，中队伤亡惨重，第二十九军军长陈宝安腹部中弹殉国，师长刘雨卿负伤。5月9日，中队奉命停止反攻，两军对峙南昌，会战结束。

第一次长沙会战。这次会战是欧战爆发后，也是日本设立中国派遣军总司令部以后第一次对中队的大攻势。日军于1939年9月中旬，调集6个师团兵，并由长江舰队配合，在冈村宁次的亲自指挥下，分三路进攻长沙。湘北是日军的主攻方向。重庆军委会战前指示：利用湘北有利地形及既设数线阵地，逐次消耗敌人，换取时间。

第九战区遵照军委会指示，集中主力35个师，命令“诱敌深入于长沙以北地区，将敌主方包围歼灭之。9月18日，双方展开激战。10月初，我军开始反攻，予各路敌军以迎击，侧击，当地民众亦协同作战，使敌后方受到严重威胁。10月5日，敌下令全线退却，被迫退回原阵地。

桂南会战。日军为切断中国西南补给线，以封锁我大后方，决定进攻南宁。1939年11月15日黎明，日军调集陆海空军共10余万人，由华南派遣军司令官安藤利吉指挥，在广西钦州湾突袭登陆，随向南宁进犯，重庆军委会电令桂林行营主任白崇禧，责第十六集团军指定两师兵力固守南宁，“无令不得撤”。同时，令杜聿明“第五军应迅速集结宾阳附近地区”，增援南宁。中国守军进行了顽强的阻击，双方交战十分激烈，但终因守备薄弱，援军未及时赶到，24日南宁失守。12月4日，战略要地昆仑关失守，中越国际交通线被切断。针对南宁陷落后的战局，11月26日，蒋介石电令白崇禧，指示：“南宁失陷后，我军作战不可急求速胜，应以慎重出之。”

中队为恢复西南国际交通线，决心反攻。桂林行营拟就了反攻计划，令蔡廷锴、夏威、徐庭瑶分任东、西、北三路军总司令，准备反攻作战。北路军所辖第五军由军长杜聿明统率，担任主攻昆仑关的任务。经过反复激战，日军伤亡惨重，敌旅团长中村正雄被击毙，31日，克复昆仑关。我军取得“昆仑关大捷”，表现出中队的攻坚力量。日军受挫后，全力反扑。1940年2月3日，昆仑关再度陷落。下旬，中国援军到达，开始反击，24日，再度夺回昆仑关。敌因后方空虚，补给困难，一部从钦州湾撤离，此时中队乘机发起反攻，28日克复龙州，30日克复南宁。11月下旬，日军全部撤出挂南，会战胜利结束。桂南重新成为拱卫中国抗战大后方的前卫阵地。

枣宜会战。1940年4月中旬，日军为保武汉安全，准备先在汉水东岸击败我第五战区主力，然后攻取重庆大门宜昌。战前，重庆军委会多次电示第五战区长官李宗仁等，在敌军尚未进犯之前先发制敌，根据军委会指示，第五战区确定作战方针：战区以一部取广正面，分路挺进敌后方，积极施行扰袭，主力适宜控置于后方，相机以先发制敌行动，于枣阳以东或荆、当以南地区与敌决战。

5月1日，日军右路从信阳向我左翼兵团孙连仲部进攻，2日，左路也从钟祥进犯，向我右翼兵团进攻，4日，敌中路从随县开始正面猛攻。第五战区司令长官李宗仁率战区主力近敌，枣宜会战全线展开。8日，日军攻陷枣阳，坚守枣阳的第173师师长钟毅战死。10日，重庆军委会电令第五战区应乘敌态势不利，退却困难之好机，以全力围攻捕捉，歼灭之于战场附近，张自忠集团应以主力先向唐县镇、阳间进攻，切断公路后再转敌背后。

中队主力向枣阳敌军反击，敌伤亡惨重，于11日晚沿襄河南撤，又被张自忠所部第33集团军截击。日军进攻受挫，转向方家集西南的南瓜店附近进行攻击。16日，总司令张自忠率部在宜城南瓜店与敌主力遭遇。终因敌众我寡，伤亡殆尽，张自忠也因伤重不治，一代抗战名将战死沙场。17日，日军再度攻占枣阳，31日，向宜昌地区进攻。6月14日，宜昌沦陷。此后，两军相峙于襄河以东地区。这次会战，日军虽然攻占枣阳、襄阳、宜昌，然而始终未捕捉到中队的主力。

张自忠战地殉国的消息传开，全国上下为之震悼。其灵柩经宜昌于1940年5月28日驶抵陪都重庆时，蒋介石亲率国民政府军政要员前往储奇门码头迎灵。11月16日，国民政府在重庆著名的风景区北碚梅花山麓为张自忠将军灵柩举行权厝仪式，蒋介石、冯玉祥等亲临墓前祭奠。随后国民政府还追晋张自忠为陆军上将，并于1940年7月7日发布褒扬令。

从1939年至1940年两年里，国民政府军委会部署抗日作战，共毙伤敌军259661人，同时也付出伤亡1019911人的代价，与1937年至1938年两年的伤亡人数大体相等。这表国民政府移驻重庆后，中国正面战场的抗战还是比较得力的。