1938年12月，蒋介石率军委会辗转移驻重庆，全面经营以重庆为中心，依托四川，背靠西南西北的抗日大后方。

与此同时，日本军部于1938年12月2日决定对退入中国腹地且拒不妥协的国民政府，组织“航空进攻作战”，以达到“压制、消灭残存的抗日势力”的目的。

当天，日本大本营参谋长下扬发布了345号大陆作战，明确规定日军航空进攻作战的目标，是“攻击敌战略及政略中枢”。大陆令决定调集日本的陆军和海军的航空部队来执行这次军事行动，要求陆海军航空部队，须紧密联系，集中兵力，投入优良飞机，共同作战。“特别要捕捉、消灭敌最高统帅和指挥机关”，而攻击敌所谓政略中枢时，则要空袭该地一切，“重要的政治、经济、产业等中枢机关”，“甚至直接空袭市民”，以借“给敌国民造成极大的恐怖。”

为实施这一行动，日军侵华总司令部集中了几乎整个的侵华空军力量。其主要兵力有：在华陆军第59飞行中队，编制战斗机20架；第12飞行中队，编制重型轰炸机5架；陆军航空兵团第一飞行团，编制侦察机18架，战斗机12架，轰炸机30架；第三飞行团，编制侦察机9架，战斗机24架，轻型轰炸机45架；海军方面参战的有第二联合飞行队，编制舰载战斗机54架，舰载攻击机24架，舰载轰炸机12架，中型攻击机26架；第一联合飞行队，编制中型攻击机24架；第三航空队水上侦察机24架。纵观日军用于“航空进攻作战”的321架军用飞机中，能直接用来空袭地面目标的攻击机、驱逐机多达116架，其中杀伤力破坏力强的各型轰炸机数达105架。

日军仗恃其空中绝对优势，施行所谓的进攻作战，把重庆的一切经济、产业、商贸及水陆交通等设施乃至于平民百姓，家宅街市，统统列为攻击目标，这就注定了重庆这僻处腹地的古老城市，上至元戍，下至黎庶，必定要经历一番从天而降的、现代战争的血与火的煎熬。

1938年12月26日，日机81架奔向重庆。殊知当日重庆云海茫茫，习惯靠目测投弹的日机轰炸员不见目标。其第一批12架97型重型轰炸机只好返航。第二批10架伊式轻型轰炸机随之飞来，同样一无所获。日本史学家描述该机队“好不容易才从云隙中捕捉到一块象是市区的目标，在判定是重庆东侧时，根据推测进行了轰炸。”如此作战，在《民国二十七年四川各地空袭损害统计》中并无记载，足见劳而无功。

日军海军航空队接替空自往返的陆军航空兵，继续实施对重庆的“航空进攻作战”。这一轮空袭的，就是震惊当年而传言至今的1939年“五·三”和“五·四”大轰炸。

1939年开年后的2、3、4整整三个月，日机未曾骚扰重庆。战时首都的重庆市区，经过半年经营，点缀了几分升平、安乐的景像。

5月3日一早，鄂西方面第六战区电告日军多机迂回西进，所经各地均无弹火，似有袭击重庆企图。军委会获悉转发。捱过上午，到了12点45分才由防空司令部发出预先警报。仅仅过了5分钟，令人心悸的紧急警报响成一片。闹市顿时纷乱如麻，进城出城的人群车流，堵门塞路。13点17分，即紧急警报响过不到半小时，36架日机掀起振天动地的声浪，飞临重庆上空。敌机从容编组列阵，以十八架为一批，两批敌机你来我去，炸弹三个一串，辟头盖脑地倾泻在两江汇合处的半岛顶端。抗战首都完全沉没在浓黑的烟尘和上窜的烈焰之中。国民党中央通讯社报道说：“敌机肆虐尽兴之后，于下午1时30分仓惶逃去。”

5月3日余烬未灭。5月4日，日机30多架，再袭重庆。中央社电讯称：“因我机阻击，至6时（下午）始有部分敌机窜入市空，在繁华市区投烧夷弹数十枚。”

今天，重庆市中心有条名为“五四路”的市街，就是当年为牢记日机空袭的血泪惨状而留下的历史见证。重庆市地方志编撰委员会在其《重庆大事记》中列出了当年日机空袭的若干数据：5月3日下午一时，日机26架以密集队形空袭重庆。我飞机起飞迎敌，日机侵入市区狂炸，投弹100余枚，大梁子、仓坪街、左营街、陕西街等地均被炸起火。居民伤亡近1000人。5月4日，日机27架再度空袭重庆市区，市区发生大火，都邮街、柴家巷居民死2000人左右，伤3300余，房屋被毁1200栋。

然而，当时日本在国际上却诡辩说：“空袭中偶有炸弹伤及市民之处”。

一切诡辩都是徒劳的。日本帝国主义针对重庆市区的空袭暴行，当即受到揭露和谴责。英国路透社1939年5月5日发自重庆的电讯稿写道：重庆自昨日空袭后，随即起火。人烟稠密之地，木建房子全部被烧。人民无家可归者达二十万人。自来水、电灯、电话、均告断绝。重庆主要街道，自昨晚起至今日下午止，焚烧不辍。（截至文稿）发电时已燃烧到中央日报馆址。火势甚难扑灭。一因城中自来水不继，二因火势多起过广。

当年德国驻华使馆人员自重庆报告称：“眼见有妇孺百余人被焚而死。”该官员描述道：“该妇孺立在一处，火势逐渐前进，彼辈即逐渐后退。火势终将彼辈逼至城墙附近，妇孺不能逾墙而大声呼救。然火焰无情，已将彼辈送至幽冥也。”

日本学者前田哲男在1988年出版的专著中，认为日机“五三”、“五四”重庆大轰炸，表现出现代化的“战争方法将抹杀掉杀人者与被杀者的接触关系。”他指出当年执行空袭任务的海军航空官兵不过504人，他们“没有踏上重庆这块土地，没有持枪握刀面对重庆的中国人。他们在高空只是搬动投弹杆，就像操作汽车变速杆一样，两天之间就屠杀五千多人。”他就此归纳为日军针对重庆及大后方中国民众的“新的屠杀方式已经形成”。